Mặc cho ý nghĩa tên gọi của nó, Novgorod là thành phố cổ nhất kiểu Slav được ghi nhận trong lịch sử Nga. Biên niên sử có đề cập tới nó từ năm 859, khi nó là một trạm chính trên Hành trình thương mại từ người Varjag tới người Hy Lạp. Tên gọi của thành phố này trong tiếng của người Varjag là Holmgard (hay Holmgarðr, Hólmgarður, Holmgaard, Holmegård) được đề cập tới trong Norse saga (Những câu chuyện Na Uy) như là đã tồn tại từ sớm hơn, nhưng các sự kiện sử học không thể được gỡ rối từ truyền thuyết ở đây[7]. Ban đầu, Holmgard chỉ trỏ tới một đồn lũy nằm ở phía đông nam thành phố ngày nay là Riurikovo gorodishche (được đặt tên trong thời gian tương đối gần đây theo tên của Rurik, người được cho là đã biến nó thành "kinh đô" của mình). Các dữ liệu khảo cổ học gợi ý rằng gorodische, nơi cư ngụ của một Knyaz (konung hay đại công tước), có niên đại vào khoảng giữa thế kỷ 9, trong khi thành phố này chỉ có niên đại từ cuối thế kỷ 9, vì thế mà có tên gọi Novgorod, "thành phố mới". Tuy nhiên, vào giữa thế kỷ 10 thì Novgorod đã trở thành một thành phố cổ phát triển đầy đủ.

Năm 882, người kế nghiệp của Rurik, Oleg của Novgorod, đã chiếm giữ Kiev và thành lập quốc gia Kievskaya Rus. Trong quốc gia này thì Novgorod là thành phố thứ hai về tầm quan trọng. Theo tập quán, con trai lớn và là người kế vị ngai vàng của nhà cầm quyền vương quốc Kievskaya Rus được gửi tới để cai quản Novgorod thậm chí ngay cả khi còn bé. Khi vua không có con trai thì Novgorod được các posadnik (một kiểu phó công tước) cai quản, chẳng hạn như Gostomysl, Dobrynya, Konstantin và Ostromir huyền thoại. Trong các Norse saga thì thành phố được đề cập tới như là kinh đô của Gardariki (nghĩa là các vùng đất Đông Slav). Bốn vị vua của người Viking — Olav I của Na Uy, Olav II của Na Uy, Magnus I của Na Uy và Harald Haardraade — đã tìm kiếm nơi nương náu ở Novgorod để tránh các kẻ thù từ quê hương.

Trong số các công tước của mình, người Novgorod giữ trong lòng nhiều nhất các kỷ niệm về Yaroslav I Mudryi (Yaroslav Thông thái), người đã ban hành các văn bản luật pháp đầu tiên của họ (sau này được kết hợp vào Russkaya pravda- bộ luật của Kievskaya Rus) và đã tài trợ cho việc xây dựng thánh đường Sophia, còn tồn tại đến ngày nay. Như là sự bày tỏ lòng biết ơn vì đã giúp ông đánh bại anh trai mình và giành được ngai vàng của Kievskaya Rus, Yaroslav đã trao nhiều đặc quyền cho thành phố. Ở phía kia, người Novgorod đã đặt tên quảng trường trung tâm của mình là Yaroslav.

Năm 1136, các nhà buôn và các boyar của Novgorod ly khai khỏi Kievskaya Rus, trục xuất công tước của họ và tuyên bố thành lập Cộng hòa Novgorod. Nhà nước thành bang hùng mạnh này kiểm soát phần lớn khu vực đông bắc châu Âu, từ Estonia ngày nay tới dãy núi Ural. Nhân vật quan trọng nhất tại Novgorod là Posadnik, một quan chức được bầu ra bởi hội đồng nhân dân (gọi là Veche-một kiểu nghị viện Đông Slav thời Trung cổ) từ tầng lớp quý tộc của thành phố. Triều đình Novgorod về mặt hình thức là do công tước chủ trì (cũng do Veche bầu ra), nhưng các phán quyết của ông phải được Posadnik xác nhận để có thể có hiệu lực. Trong thế kỷ 13, thành phố này đã gia nhập liên minh Hanze (tức liên minh thương mại và chính trị của các thành phố ở vùng đông bắc châu Âu).

Trong suốt thời Trung cổ, thành phố này đã rất thịnh vượng về mặt văn hóa. Phần lớn dân cư đều có học và sử dụng các chữ viết trên vỏ cây bu lô để liên lạc. Người ta đã khai quật được tại Novgorod cuốn sách Slav cổ nhất được viết ra ở phía bắc Vương quốc Bulgaria và chữ viết cổ nhất bằng tiếng Phần Lan-Ugra. Khi Paris và London còn chìm ngập trong bùn lầy thì Novgorod đã được những người nước ngoài tán dương vì các đường đắp cao được lát và các đường phố sạch sẽ. Một số các biên niên sử Nga cổ nhất đã được viết tại thành phố này. Nhà buôn Novgorod tên là Sadko đã trở thành nhân vật phổ biến trong văn hóa dân gian Nga.

Sự suy thoái của thành phố là kết quả của sự bất lực của nó trong việc nuôi một cộng đồng dân cư quá lớn, điều này làm cho thành phố bị phụ thuộc vào việc cung cấp lương thực từ khu vực Vladimir-Suzdal. Các thành phố lớn trong khu vực này như Moskva và Tver, sử dụng sự lệ thuộc này để giành quyền kiểm soát Novgorod. Cuối cùng Ivan III đã sáp nhập thành phố này vào công quốc Muscovy năm 1478. Tuy nhiên, Novgorod vẫn còn là thành phố lớn thứ ba tại Nga cho đến tận khi Ivan Hung Đế cướp phá thành phố và sát hại hàng nghìn dân tại đây vào năm 1570. Tầng lớp thương nhân và quý tộc của thành phố đã bị lưu đày tới Moskva, Yaroslavl và nhiều nơi khác.

Trong thời kỳ loạn lạc, người Novgorod đã nhanh chóng đầu hàng quân đội Thụy Điển do Jacob De la Gardie chỉ huy vào mùa hè năm 1611. Thành phố này chỉ được hoàn lại cho Nga sau sáu năm, theo hiệp ước Stolbovo và trở lại thời kỳ thịnh vượng trước đây của nó vào cuối thế kỷ này, khi những công trình xây dựng nhiều tham vọng như thánh đường Sign và tu viện Vyazhischi được xây dựng. Người nổi tiếng bậc nhất trong số các giáo chủ Nga, Nikon, đã từng làm tổng giám mục giáo khu Novgorod trong giai đoạn từ năm 1648 tới năm 1652.

Năm 1727, Novgorod trở thành trung tâm hành chính của guberniia Novgorod (một kiểu tổng trấn thời kỳ 1708-1927) trong Đế chế Nga, được tách ra từ guberniia Sankt-Peterburg (xem bài Các đơn vị hành chính Nga năm 1727-1728). Đơn vị hành chính này tồn tại đến năm 1927. Trong giai đoạn từ năm 1927 tới năm 1944 thành phố này là một phần của tỉnh Leningrad, và sau đó trở thành trung tâm hành chính của tỉnh mới thành lập là tỉnh Novgorod.

Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, thành phố đã bị quân đội Đức chiếm đóng từ ngày 15 tháng 8 năm 1941. Các tượng đài lịch sử của thành phố đã bị phá hủy một cách có hệ thống. Khi Hồng quân Liên Xô giải phóng thành phố vào ngày 19 tháng 1 năm 1944, trong số 2.536 công trình xây dựng bằng đá chỉ còn lại ít hơn 40. Sau thế chiến, các khu buôn bán kinh doanh dần dần được khôi phục. Các tượng đài chính của thành phố được công nhận là Di sản thế giới. Năm 1998, thành phố này đã chính thức đổi tên thành Velikiy Novgorod, và như thế đã phần nào phục hồi lại danh hiệu thời Trung cổ của nó "Ngài Novgorod vĩ đại".